Se sabe que el Emperador empezó sus Cruzadas en Terra, desde la que sus flotas plateadas transportaban a sus Marines Espaciales, sus guerreros alterados genéticamente que pretendían liberar a la Humanidad de las garras de los alienígenas, las oscuras sendas de la ignorancia y la maligna influencia de los Dioses del Caos. Las aplastantes victorias y ocasionales derrotas de las legiones del Emperador entraron en leyenda, pero está claro que siempre que era posible, el Emperador y la mayoría de sus Primarcas intentaban hacerse con el control de las poblaciones humanas e incorporarlas a la lucha por liberar más planetas. Así pues, estos serían los primeros pasos del Ejército Imperial, una profusa cantidad de hombres reclutados en diferentes mundos: aventureros, mercenarios, idealistas, indeseables, xenófobos, primitivos y oportunistas. Al principio, estos eran empleados para llevar a cabo tareas de acuertelamiento en sus propios planetas. Con el consabido apoyo del Emperador, estas efectivas fuerzas locales mantuvieron a raya las rebeliones y defendieron sus planetas de los incursores alienígenas.
Como punta de lanza en estos tiempos de expansión estaban las Legiones de los Marines Espaciales, los mejores guerreros jamás creados. Pero aún con su formidable poder, las legiones de los Adeptus Astartes eran limitadas, y las incansables demandas de un Imperio en construcción las alejaba hacía destinos inexplorados. Con sus legiones cada vez más distantes el Emperador necesitaba de más y más guerreros para afianzar el terreno ganado, ahí nacío la Armada Imperial.
La Armada fue una parte vital en las flotas expedicionarias enviadas a reclamar la galaxia en el nombre del Emperador. Millones de ejercitos armados con billones de efectivos y máquinas de guerra, así como flotas colosales de naves espaciales, fueron formadas para ayudar a la conquista. Al principio, la Armada estaba subordinada a las Legiones Astartes, y eran empleadas en la vigilancia de los territorios conquistados, así como para aplastar las pequeñas resistencias de los planetas que dejaban las expediciones a su paso. Sin embargo, cuando la Cruzada llego a la Franja Este, la Armada Imperial fue desplegada en el frente, peleando lado a lado con los supersoldados de los Astartes.
Diversas fuentes coinciden en afirmar que las reglas de formación de regimientos se crearon para que estos pudieran ser transportados en las naves interestelares existentes en los tiempos de las Cruzadas (lo que daba pie a regimientos de 3.000 hombres, que cabían en una sola nave de transporte o en cualquier tipo de crucero de la época). En las Cruzadas, el Ejército y la Armada Imperial funcionaban como una sola entidad y había comandantes que tenían control sobre ambos. Los regimientos se asignaban, comúnmente a un navío en concreto y el despliegue de dicho navío traía consigo un grueso de tropas capaces de encargarse tanto de las tareas de aterrizaje como de las de acuertelamiento.
Esto permitía que con cada navío se desplegase un regimiento. Se trataba, sin duda, de una ecuación brutal pero necesaria; de esta manera, la pérdida de navíos en la Disformidad o a manos del enemigo no conllevaba que el regimiento se quedara desperdigado en varios navíos. Además, la importancia de mantener juntos a los soldados de un mismo planeta era primordial para crear un lazo de unión entre ellos. En muchos casos, los habitantes de un planeta apenas podían entender el idioma de los de otro, y mucho menos sus costumbres, las tácticas o el equipo especial que determinan la eficiencia de una formación en combate. Todos estos elementos sentaron las bases de las tradiciones que perduran hoy en día: un regimiento se recluta de un solo planeta y permanece y combate unido siempre que esto sea posible.
